En 1990 comienza la debacle del fútbol malacitano, ese año el equipo desciende a Segunda tras una irregular temporada, y pésima promoción que perdió contra el Espanyol. Ese mismo año hasta un total de 4 jugadores malaguistas, son convocados para jugar un partido con la Selección Nacional. Ese mismo año, viaja a Varsovia llamado por la selección de Polonia, el motivo, equipaciones de futbol para niños disputar un partido amistoso como preparación del Mundial de Alemania. Descripción : Situaremos 6 balones en la frontal del área y los jugadores se separan de ellos unos 10 metros. 34. 100. Los jugadores se colocan a 15 metros de la frontal del área sin balón. Tras la fusión se acordó utilizar como equipación un uniforme a rayas blancas y rojas que fue fruto de las rayas azulgranas del Gimnástico FC y de las blanquinegras del Levante FC. ↑ «El Burjassot denuncia al Levante para evitar que se abandere como el decano». ↑ a b England’s amateurs. En 1974, el Club Deportivo Málaga terminó la liga en el 9º puesto, empatado a puntos con el Real Madrid. Y aquel partido con el Real Madrid no fue el único que jugó la pasada temporada con el primer equipo, pues llegó a disputar cuatro encuentros y a ser una de las jugadoras que entró de manera habitual en las dinámicas de entrenamiento del equipo.
La temporada 1986/1987, es trágica para la historia del fútbol malagueño, pues el 22 de diciembre de 1986, el Club Deportivo Málaga jugaba en Balaídos contra el Celta, y el heroico portero malaguista Gallardo, sufrió un golpe en la cabeza tras un encontronazo con un jugador celtiña. Fue durante estos años cuando el conjunto malaguista se ganó el sobrenombre de equipo “ascensor”, pues rara era la ocasión que no terminaba la temporada entre los 5 últimos de Primera o entre los 5 primeros de Segunda. La liga profesional es la Canadian Football League (CFL) donde cada equipo tiene en su nomina muchos más jugadores de Estados Unidos que de Canadá, y en el caso de los estadounidenses son jugadores y exjugadores de fútbol americano. La melancolía, la firmeza y la magnanimidad son los tres eslabones que sintonizan las historias de Zaal Samadashvili. 1973, el Club Deportivo Málaga alcanza su cota más alta en la Copa del Rey, perdió en semifinales con el equipo que a la postre fue campeón, el Athletic de Bilbao. En 1999 el Málaga Club de Fútbol, termina otra vez la liga como campeón, esta vez en Segunda, consiguiendo el ascenso matemático a Primera División a 3 jornadas para la conclusión de la liga.
Después de dos temporadas en las cuales el equipo, no fue capaz de terminar la liga ocupando una de las 4 primeras posiciones del Grupo IV de Segunda B, que daban derecho a jugar la liguilla de ascenso, en 1998 el equipo acabó la liga como campeón, y en una fase de ascenso no apta para cardíacos, el Málaga Club de Fútbol, que en la última jornada no dependía de sí mismo, sino de una carambola (debía ganar por 3 goles al Tarrasa y esperar a que el Talavera no ganase en Beasaín), consiguió un milagro, pues el resultado fue: Málaga Club de Fútbol 4 – 1 Tarrasa con la gran actuación del hispano-argentino Guede, a quien posteriormente,”en agradecimiento” echaron y tuvo que irse al Elche y ahora nadie sabe donde anda. El gol albiceleste lo hizo Waldemar González, luego de que el árbitro pitara una falta penal -sobre Juan Pintos- pocos minutos después del segundo tanto de los carboneros (Alberto Spencer 27′ y Júpiter Crescio 52′). Luego del mismo, los cerrenses fueron con el envión del descuento a por el empate, pero sobre el tramo final del encuentro llegaría un nuevo gol de Crescio que sellaría el resultado definitivo.
Cada gol que se consigue vale un punto. Final, con resultado de 0-1 con gol de Gerardo en El Madrigal, y 1-1 con gol de Roteta en La Rosaleda, consiguiendo así su primer trofeo internacional. En 1994, y con el Atlético Malagueño en Tercera División, se acuerda un cambio de denominación, replica camisetas futbol y el club pasa a llamarse Málaga Club de Fútbol. Málaga, como ciudad luchadora que es, nunca se rinde ante las adversidades, así que supo sobreponerse a tan tremendo varapalo, y contempló como el Atlético Malagueño (con jugadores como Basti o Bravo), filial del desaparecido Club Deportivo Málaga, y que militaba en Tercera División, ascendió a Segunda B en 1993. No obstante, al año siguiente el equipo, repleto de jóvenes malagueños, pecó de su inexperiencia y descendió nuevamente a Tercera División. En 1970, el Club Deportivo Málaga con Viberti a la cabeza, retorna a Primera División. En el año 1972, el Club Deportivo Málaga derrota 0 – 1 al FC Barcelona, y además termina la liga séptimo.